A sua carreira continuou na rota do sucesso tendo no ano seguinte participado no Campeonato do Mundo FIA GT, 24 Horas de Daytona, Campeonato Espanhol de GT e European Le Mans Series.

Foi ainda piloto da Equipa Paco Orti Racing na ELMS que ganhou a Porsche Privateers World Cup, Taça entregue pela Porsche para a melhor Equipe Porsche privada do Mundo (a equipe Paco Orti Racing foi Vice-Campeã por Equipes da classe GT na ELMS).

Em consequência dos ataques terroristas de 11 de Setembro de 2001, a carreira internacional de Bernardo sofreu um revés, já que deixou de poder contar com os apoios das empresas americanas que o tinham apoiado até então.

Em Junho de 2002 Bernardo de Sá Nogueira participou na corrida no Autódromo do Estoril a contar para o Campeonato Espanhol de GT, conseguindo um 8º lugar na classe GTA partilhando o volante com Armando Paes.

Em 2003, Bernardo de Sá Nogueira alcançou a Vitória, juntamente com João Pina Cardoso e Rui Leal dos Santos nos 500 Kms do Estoril ao volante de um Renault Clio RS. 1º Carro de Turismo; 1º Classe 2000 cc; 1º dos Renault Clio e 2º da Geral.

Em 2004 participa no Campeonato Nacional de Velocidade ao volante de um Toyota Corolla, incluído na Taça Toyota. Tendo conquistado vários pódios ao longo da época, chegou à última corrida em Braga, necessitando apenas de um 3º lugar para conquistar a Taça Toyota. Nesse fim-de-semana dominou os treinos (record da volta em 1m30.2s), e liderou a corrida até ser abalroado por outro concorrente.

Em 2005, Bernardo esteve ao serviço da Marcos Racing International (equipa oficial Marcos). Além dos eventos em que participou na Holanda e  Bélgica, esteve presente nas 2 corridas do Campeonato Espanhol de GT incluídas no Festival Histórico do Porto, ao volante do Marcos Mantis oficial.

A convite das respectivas organizações, participou com Jorge Monte Real na corrida do Troféu Porsche Boxster incluída no programa do A1GP no Estoril, e na corrida do Troféu Seat Leon incluída no programa do Campeonato Espanhol de GT no Estoril.